Sau bốn năm kể từ Mystic Square, phần Touhou trước đó, ZUN đã tách khỏi Amusement Makers và thành lập circle dōjin của riêng mình, Team Shanghai Alice, trong đó ông là nhà phát triển duy nhất. Vì EoSD sẽ là bản phát hành đầu tiên của Team Shanghai Alice và là trò chơi đầu tiên dành cho bản Windows, ZUN cảm thấy rằng trò chơi cần phải để lại ấn tượng. Điều này dẫn đến bối cảnh phương Tây của EoSD, không giống như hầu hết các trò chơi khác trong Touhou Project có bối cảnh mang tính phương Đông hơn.[6]

Hệ thống Bài Phép, là đặc trưng trong mọi trò chơi Touhou kể từ EoSD, được ZUN tạo ra vào năm 1999 khi còn đang phát triển game Seihou Project, và nhằm mục đích trở thành một phương tiện để xác định các mẫu đạn với tên cũng như thêm chiều sâu cho nhân vật của ông. ZUN cũng nói thêm rằng bản thân EoSD được tạo ra với mục đích là để giới thiệu hệ thống này.[7]

EoSD cũng là bản game lần đầu tiên ZUN lập trình bằng một ứng dụng Windows từ đầu. Vì ông đã vốn quen thuộc hơn với API và DirectX và tương đối xa lạ với việc lập trình cấp ứng dụng, nên ông đã dành rất nhiều thời gian cho việc tạo thư viện và công cụ cho EoSD. Do đó, chỉ còn ít thời gian để cải thiện bản thử của trò chơi và ông đã quyết tâm cải thiện trò chơi tiếp theo về mặt đó.[8]

Nhạc nền của trò chơi ban đầu được sáng tác cho mô-đun âm thanh Roland SC-88 Pro. Nhạc nền đã được phối lại và ghi lại bằng Roland Edirol SD-90 trước khi trò chơi được phát hành.[9] Phiên bản gốc của nhạc nền vẫn được bao gồm trong trò chơi dưới dạng tệp MIDI tương thích với SC-88 Pro.

Mặc dù đã có ý định phát hành Embodiment of Scarlet Devil trên Steam, nhưng do trục trặc, khi chạy trò chơi ở chế độ toàn màn hình trên Windows 10, tốc độ khung hình không có giới hạn, khiến trò chơi chạy với tốc độ như vậy là không thể chơi được. Các bản vá lỗi của người hâm mộ kể từ đó đã được phát hành, nhưng ZUN nói rằng ông ấy không thể tự mình khắc phục sự cố vì đã mất mã nguồn.[10]